Освобождение от НДС в медицине в 2026 году: изменилось ли что-то?
Сегодня Чуприк Елена Васильевна - генеральный директор компании "ЭКО-развитие", эксперт в области оптимизации  налогообложения и бухгалтерского учета, ведения  отчетности грантов для НКО - поднимает на обсуждение острую тему.

Главное: медицина на ОСНО остается вне зоны НДС 

Федеральный закон № 425-ФЗ от 28.11.2025 повысил базовую ставку НДС с 20% до 22%. Изменение вступило в силу 1 января 2026 года и применяется ко всем товарам, работам и услугам, отгруженным после этой даты.

Медицинские услуги сохранили освобождение от НДС по подпункту 2 пункта 2 статьи 149 НК РФ. Как и раньше, клиники, стоматологии, медцентры с действующей лицензией на общей системе налогообложения могут оказывать услуги без начисления НДС. При этом, входной НДС включается в стоимость. Подтверждение права все также не требуется.

Условия освобождения не изменились

Чтобы применять освобождение, медицинская организация должна соответствовать трем критериям, установленным еще до 2026 года.

  • Основной вид деятельности
Освобождение применяют ЮЛ и ИП, осуществляющие медицинскую деятельность согласно статье 2 Федерального закона № 323-ФЗ от 21.11.2011. Организационно-правовая форма роли не играет: ООО, АО, НКО — главное, чтобы медицинская деятельность была основной.
  • Лицензия
Лицензия на медицинскую деятельность — обязательный документ. Без нее освобождение невозможно, а сама деятельность незаконна. Лицензия выдается на конкретные виды работ и услуг. Освобождение применяется только к тем услугам, которые прямо указаны в приложении к лицензии.
  • Соответствие перечню медицинских услуг
Услуга должна входить в определение медицинской деятельности из статьи 2 ФЗ-323: диагностика, профилактика, лечение заболеваний, медицинская реабилитация.

Перечень остался прежним. Например:

  • первичная медико-санитарная помощь – прием терапевта, педиатра, узких специалистов;
  • специализированная помощь - хирургические операции, стационарное лечение;
  • стоматология - лечение кариеса, удаление, протезирование, имплантация;
  • медицинская косметология - лечение акне, удаление новообразований, коррекция рубцов по показаниям.

Интересный момент: косметология

Медицинская косметология с лечебными целями освобождена от НДС. Эстетическая косметология без показаний - омоложение, контурная пластика для красоты — до получения официальных разъяснений ФНС облагается по ставке 22%.

Раздельный учет при совмещении деятельности

Раздельный учет обязателен, если организация совмещает операции, освобожденные от НДС, и облагаемые. Например, медицинские услуги (освобождены) и сдача помещений в аренду (22%).

О распределении входного НДС

Входной НДС по общехозяйственным расходам распределяется пропорционально выручке от разных видов операций.

Правило 5%: когда раздельный учет не нужен

Если доля совокупных расходов на освобожденные операции не превышает 5%, весь входной НДС по общехозяйственным расходам можно принять к вычету. 

Это то что касается освобождения от НДС. Но, налогообложение медицинских организаций на общей системе налогообложения не ограничивается НДС. Есть еще и налог на прибыль. Что касается налога на прибыль организаций, то на основании положений пункта 1 статьи 284.1 Кодекса организации, осуществляющие медицинскую деятельность в соответствии с законодательством Российской Федерации, вправе применять налоговую ставку 0 процентов при соблюдении ряда условий, установленных данной статьей Кодекса.
Как быть в этой ситуации?
Минфин России ссылается на разъяснения Минздрава России, согласно которым медработники, допущенные к осуществлению медицинской деятельности на основании данных о прохождении аккредитации, внесенных в ЕГИСЗ, или свидетельства об аккредитации специалиста, или выписки о прохождении аккредитации, осуществляют свою профессиональную деятельность на равных и законных основаниях (Письма Минфина России от 10.01.2024 N 03-03-05/528, от 19.05.2022 N 03-03-06/3/46106).

Соответственно, поскольку соответствующая выписка из ЕГИСЗ приравнивает специалистов к медперсоналу, имеющему сертификат (свидетельство), их можно учесть при определении указанного процентного соотношения.

Именно это условие (приравнивание работников без сертификата специалиста (свидетельства об аккредитации) к работникам, имеющим такие документы, на основании отраслевого законодательства) Минфин России называл обязательным для учета таких медработников для целей применения пп. 3 п. 3 ст. 284.1 НК РФ (Письма от 22.02.2022 N 03-03-05/12549, от 10.12.2020 N 03-03-05/108719).

Работники, призванные на военную службу по частичной мобилизации, включаются в общую численность работников для соблюдения данного условия (Письмо ФНС России от 11.11.2022 N СД-19-3/257);

● в течение года в штате организации должно непрерывно числиться не менее 15 работников (пп. 4 п. 3 ст. 284.1 НК РФ). Работники, призванные на военную службу по частичной мобилизации, включаются в общую численность работников для соблюдения данного условия (Письмо ФНС России от 11.11.2022 N СД-19-3/257);

● организация не должна совершать в течение года операции с векселями и производными финансовыми инструментами (пп. 5 п. 3 ст. 284.1 НК РФ). Операцией с финансовым инструментом срочных сделок признается и заключение договора соответствующего вида (Письма Минфина России от 04.03.2024 N 03-03-06/1/19128, от 05.10.2020 N 03-03-06/1/86639).

Если такие условия не выполняются, то рассчитывайте налог в общем порядке, в том числе после утраты права на льготную ставку (п. 1 ст. 284, п. 4 ст. 284.1 НК РФ).

Применение ставки 0% - ваше право, вы можете не применять ее или отказаться от нее, если стали применять. Чтобы отказаться от нулевой ставки, вам нужно направить заявление об этом в налоговую инспекцию по месту своего нахождения. При этом если вы откажетесь от льготной ставки в течение года, то вам придется пересчитать налог на прибыль с 1 января этого года, а также уплатить пени (п. 7 ст. 284.1 НК РФ).

Вернуться к применению ставки 0% можно не раньше, чем через пять лет после того, как вы утратили право на нее или перешли на общую ставку добровольно, начиная с года, в котором вы стали применять общую ставку (п. 8 ст. 284.1 НК РФ, Письмо Минфина России от 14.01.2016 N 03-03-06/1/615).

Вновь созданные медицинские организации могут применять ставку 0% не с момента создания, а со следующего налогового периода. В первом налоговом периоде они должны платить налог по общей ставке, поскольку для льготного условия не выполняются (п. 2 ст. 55, п. 1 ст. 284, п. п. 3, 5 ст. 284.1 НК РФ, Письмо Минфина России от 15.03.2012 N 03-03-10/23 (доведено для использования Письмом ФНС России от 03.04.2012 N ЕД-4-3/5543@)).

Аналогичный порядок действует при переходе организации в течение года на общий режим налогообложения из-за утраты права на применение УСН.

Применять льготную ставку в периоде перехода нельзя (п. 4 ст. 346.13 НК РФ, Письмо Минфина России от 30.08.2012 N 03-03-06/4/90).

Если, применяя ставку 0%, вы переоформляете свою лицензию на оказание медуслуг, то право на льготную ставку у вас сохраняется.

Переоформление лицензии не является основанием для утраты права на льготу (Письмо Минфина России от 05.10.2020 N 03-03-06/1/86676).

Если медицинская организация применяла ставку 0%, а затем реорганизовалась путем присоединения к ней другой медицинской организации, то она вправе и в дальнейшем применять указанную ставку при выполнении условий, установленных ст. 284.1 НК РФ (Письмо Минфина России от 26.10.2022 N 03-03-06/3/103665). Также не является препятствием для применения льготной ставки размещение временно свободных денежных средств на депозитных счетах в банке (Письмо Минфина России от 23.07.2025 N 03-03-06/1/71273).

Уплачивается налог на прибыль медицинскими организациями в общем порядке. Особенностей для них не установлено.

Оставьте ваш вопрос эксперту по бухгалтерскому учету и налогообложению Чуприк Елене Васильевне, и она разберет его на молекулы: dir@ecorazvitie.org